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  1. 116 農学生命科学研究科・農学部
  2. 02 生産・環境生物学専攻
  3. 1160210 学術雑誌論文
  1. 0 資料タイプ別
  2. 10 学術雑誌論文
  3. 014 自然科学

Analysis of rhizosphere bacteria of rice cultivated in Andosol lowland and upland fields using molecular biological methods

http://hdl.handle.net/2261/8121
http://hdl.handle.net/2261/8121
85fcf315-b8b0-48d2-a5f4-ad8e09abf1bd
名前 / ファイル ライセンス アクション
1_66.pdf 1_66.pdf (819.5 kB)
Item type 学術雑誌論文 / Journal Article(1)
公開日 2008-01-24
タイトル
タイトル Analysis of rhizosphere bacteria of rice cultivated in Andosol lowland and upland fields using molecular biological methods
言語
言語 eng
キーワード
主題Scheme Other
主題 16S rDNA
キーワード
主題Scheme Other
主題 bacteria
キーワード
主題Scheme Other
主題 FISH
キーワード
主題Scheme Other
主題 PCR-DGGE
キーワード
主題Scheme Other
主題 rhizosphere
キーワード
主題Scheme Other
主題 rice (Oryza sativa L.)
資源タイプ
資源 http://purl.org/coar/resource_type/c_6501
タイプ journal article
著者 Doi, Tetsuya

× Doi, Tetsuya

WEKO 854

Doi, Tetsuya

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Hagiwara, Yusuke

× Hagiwara, Yusuke

WEKO 855

Hagiwara, Yusuke

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Abe, Jun

× Abe, Jun

WEKO 856

Abe, Jun

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Morita, Shigenori

× Morita, Shigenori

WEKO 857

Morita, Shigenori

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著者別名
識別子Scheme WEKO
識別子 858
姓名 土肥, 哲哉
著者別名
識別子Scheme WEKO
識別子 859
姓名 阿部, 淳
著者別名
識別子Scheme WEKO
識別子 860
姓名 森田, 茂紀
著者所属
著者所属 Field Production Science Center, Graduate School of Agriculture and Life Sciences, The University of Tokyo
著者所属
著者所属 Faculty of Agriculture, The University of Tokyo
著者所属
著者所属 AE-Bio, Graduate School of Agriculture and Life Sciences, The University of Tokyo
抄録
内容記述タイプ Abstract
内容記述 Bacteria in the rhizosphere influence plant growth and interact with plant roots. Microscopy and culture method have been used for studies of microorganisms of the rhizosphere, but these methods are insufficient for evaluation because most rhizosphere bacteria are viable but non-culturable (VBNC). Bacteria in the rhizosphere of rice cultivated in Andosol lowland and upland fields were analyzed in this study using PCR-DGGE and FISH, in combination with modified pretreatments. Results show that the two methods with the pretreatments, more than conventional methods, provided a rapid and simple analysis of rhizosphere bacteria. The 16S rDNA band pattern of bacteria in the rhizosphere obtained using PCR-DGGE indicated different species composition of bacterial community in the two ecosystems and greater diversity of bacteria in the rhizosphere in upland field. Sequencing of major 16S rDNA bands identified Bacterium A35 and Clostridium bifermentans as dominant bacteria in the rhizosphere of rice in lowland fields and Klebsiella planticola and Bacillus fusiformis in upland fields. Furthermore, FISH observation indicated the predominance of gram-positive low GC bacteria in both rhizospheres and a higher proportion of Clostridium spp. in lowland fields, which is consistent with results of PCR-DGGE analysis. The results suggest that the bacteria in the rice rhizosphere can be changed depending on aerobic and anaerobic conditions of fields. It is expected to apply the PCR-DGGE and FISH to agricultural field experiments as reliable methods to evaluate the rhizosphere bacteria.
書誌情報 Plant Root

巻 1, p. 66-74, 発行日 2007
ISSN
収録物識別子タイプ ISSN
収録物識別子 18816754
DOI
識別子タイプ DOI
関連識別子 info:doi/10.3117/plantroot.1.66
フォーマット
内容記述タイプ Other
内容記述 application/pdf
日本十進分類法
主題Scheme NDC
主題 471.1
出版者
出版者 Japanese Society for Root Research
出版者別名
根研究会
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Ver.1 2021-03-02 08:51:15.533179
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