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  1. 122 新領域創成科学研究科
  2. 41 情報生命科学専攻
  3. 1224125 修士論文(情報生命科学専攻)
  1. 0 資料タイプ別
  2. 20 学位論文
  3. 025 修士論文

Development of a novel mitochondrial cleavage site predictor

http://hdl.handle.net/2261/52244
http://hdl.handle.net/2261/52244
0b03516d-aa10-4057-819f-884fcd91f4a5
名前 / ファイル ライセンス アクション
K-03095.pdf 本文(fulltext) (1.8 MB)
K-03095-a.pdf 要旨(summary) (70.4 kB)
Item type 学位論文 / Thesis or Dissertation(1)
公開日 2012-10-10
タイトル
タイトル Development of a novel mitochondrial cleavage site predictor
言語
言語 eng
キーワード
主題Scheme Other
主題 Mitochondria
キーワード
主題Scheme Other
主題 ミトコンドリア
キーワード
主題Scheme Other
主題 Targeting signal
キーワード
主題Scheme Other
主題 clearage
資源タイプ
資源 http://purl.org/coar/resource_type/c_46ec
タイプ thesis
著者 Fukasawa, Yoshinori

× Fukasawa, Yoshinori

WEKO 8266

Fukasawa, Yoshinori

Search repository
著者別名
識別子Scheme WEKO
識別子 8267
姓名 深沢, 嘉紀
著者所属
著者所属 東京大学大学院新領域創成科学研究科情報生命科学専攻
著者所属
著者所属 Department of Computational Biology, Graduate School of Frontier Sciences, The University of Tokyo
Abstract
内容記述タイプ Abstract
内容記述 A large fraction of mitochondrial proteins are cleaved upon entry into the mitochondria, but prediction of this cleavage is still challenging. In chapter 1, I summarize necessary background to this important problem. In chapter 2, I demonstrate that my system, Mitochondrial matrix targeting Signal Predictor, MoiraiSP, which is based on data from recent proteomic studies can correctly identified the cleavage site of MPP more than 75% accuracy in both plant and yeast dataset. In chapter 3, I introduce sequence divergence, LD(i), as a novel feature for sorting signal prediction, and show that prediction can be improved by LD(i) than random, especially with other famous features such as physico-chemical propensities. In chapter 4, I present that MoiraiSP can treat a related problem, predicting mitochondrial matrix targeting signal by using only N-terminal sequence information such as net-charge or LD(i). MoiraiSP discriminates between cleaved and non-cleaved mitochondrial proteins with a success rate of 97% (plant) or 91% (yeast) by cross validation. Finally, in chapter 5, I discuss some novel candidates of protease substrates, which came up during my work.
書誌情報 発行日 2011-09-27
日本十進分類法
主題Scheme NDC
主題 463
学位名
学位名 修士(科学)
学位
値 master
研究科・専攻
新領域創成科学研究科情報生命科学専攻
学位授与年月日
学位授与年月日 2011-09-27
学位記番号
修創域第4109号
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Ver.1 2021-03-02 08:06:37.003984
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